論文專著：
在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發(fā)表論文80余篇，主編、主審專著2部、參編多部。
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發(fā)表中文論文：
1 Modular Analysis of the Probabilistic Genetic Interaction Network 侯琳; 湯超; 王霖; 錢敏平; 李棟; 朱云平; 鄧明華; 李方廷 北京大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院; 北京大學(xué)理論生物中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組國家重點實驗室; California Institute for Quantitative Biosciences; University of California; San Francisco; CA 94158; Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences; Department of Biochemistry and Biophysics; 北京大學(xué)統(tǒng)計科學(xué)中心; 北京大學(xué)物理學(xué)院 【會議】第四屆全國生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會論文集 2010-10-06
2 多維液相色譜及液相色譜-離子阱質(zhì)譜法研究人胎肝線粒體蛋白質(zhì)組 張養(yǎng)軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 【會議】中國質(zhì)譜學(xué)會第七屆會員代表大會暨學(xué)術(shù)報告會論文集 2004-10-01
3 串聯(lián)質(zhì)譜圖譜從頭測序算法研究進展 孫漢昌; 張紀(jì)陽; 劉輝; 張偉; 徐長明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院自動控制系; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2010-12-15
4 蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析的無標(biāo)記定量算法研究進展 張偉; 張紀(jì)陽; 劉輝; 孫漢昌; 徐長明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院自動控制系; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2011-06-24 15:41
5 基于馬爾科夫鏈的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位點概率預(yù)測 劉輝; 張紀(jì)陽; 孫漢昌; 徐長明; 張偉; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】生物物理學(xué)報 2011-06-30
6 腫瘤相關(guān)生物學(xué)通路的發(fā)現(xiàn)和建模 郭昊; 朱云平; 李棟; 賀福初 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】遺傳 2011-06-27 14:26
7 分子生物學(xué)實驗技術(shù)仿真應(yīng)用研究進展 劉輝; 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】系統(tǒng)仿真學(xué)報 2010-02-08
8 一種基于基因表達模型識別酵母細胞周期條件特異調(diào)控子網(wǎng)的方法(英文) 劉齊軍; 王正華; 劉萬霖; 李棟; 賀福初; 朱云平 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2010-04-15
9 生物醫(yī)學(xué)命名實體識別的研究與進展 鄭強; 劉齊軍; 王正華; 朱云平 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布處理國家重點實驗室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】計算機應(yīng)用研究 2010-03-15
10 Liverbase:人類肝臟蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫應(yīng)用系統(tǒng)的研發(fā) 王雪; 劉齊軍; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué); 分布與并行處理國防重點實驗室 【期刊】軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊 2010-06-25
11 一種新的度量生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模塊性的方法 劉齊軍; 王正華; 郭昊; 孫漢昌; 劉萬霖; 朱云平 并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院自動控制系 【期刊】計算機工程與科學(xué) 2010-08-15
12 一種基于KEGG數(shù)據(jù)庫重構(gòu)代謝網(wǎng)絡(luò)的新方法 周婷婷; 容健鋒; 王正華; 董蘊源; 王勇獻; 朱云平 并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 香港理工大學(xué)計算學(xué)系 【期刊】計算機工程與科學(xué) 2010-08-15
13 蛋白質(zhì)相互作用信息的文本挖掘研究進展 李滿生; 劉齊軍; 李棟; 劉培磊; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)計算機學(xué)院 【期刊】中國科學(xué):生命科學(xué) 2010-09-15
14 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進化分析研究進展 劉中揚; 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京放射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2009-01-15
15 基于穩(wěn)定同位素標(biāo)記與質(zhì)譜分析的蛋白質(zhì)定量算法研究進展 楊星; 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】分析化學(xué) 2009-01-15
16 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點生物信息學(xué)研究進展 侯琳; 錢敏平; 朱云平; 鄧明華 北京大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京大學(xué)理論生物學(xué)中心 【期刊】遺傳 2009-04-15
17 鳥槍法蛋白質(zhì)鑒定質(zhì)量控制方法研究進展 李寧; 吳松鋒; 朱云平; 楊曉明 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2009-06-15
18 PNmerger:一個整合生物學(xué)通路和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的Cytoscape插件(英文) 孫漢昌; 李棟; 王建; 劉中揚; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科技大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院自動控制系; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2009-12-15
19 MetaGen:從KEGG建模代謝網(wǎng)絡(luò)的新工具(英文) 周婷婷; 容健鋒; 陳振沖; 王正華; 朱云平; 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布式處理國家重點實驗室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 香港理工大學(xué)計算學(xué)系 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2010-01-15
20 蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜平臺肽段可檢測性預(yù)測研究進展 徐長明; 張紀(jì)陽; 劉輝; 孫漢昌; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】分析化學(xué) 2010-02-15
21 蛋白質(zhì)組研究中離子阱串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)搜庫結(jié)果解釋方法 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京 【期刊】生物物理學(xué)報 2006-08-30
22 色譜保留時間預(yù)測模型在肽段鑒定結(jié)果驗證中的應(yīng)用 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長沙; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊 2007-02-25
23 密碼子偏性的分析方法及相關(guān)研究進展 吳憲明; 吳松鋒; 任大明; 朱云平; 賀福初 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)生物科學(xué)技術(shù)學(xué)院; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】遺傳 2007-04-30
24 蛋白質(zhì)組學(xué)中新蛋白質(zhì)鑒定的研究方法和策略 馬潔; 吳松鋒; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進展 2007-08-15
25 基于微陣列數(shù)據(jù)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 劉萬霖; 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所 北京 【期刊】遺傳 2007-12-15
26 系統(tǒng)生物學(xué)研究中不同組學(xué)數(shù)據(jù)的整合 劉偉; 朱云平; 賀福初 國防科技大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室北京蛋白質(zhì)組中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長沙; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報 2007-12-20
27 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的模塊化組織研究 王正華; 劉齊軍; 朱云平 國防科技大學(xué)并行與分布處理國家重點實驗室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 長沙; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】遺傳 2008-01-15
28 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析 劉偉; 李棟; 朱云平; 賀福初 國防科技大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué)) 2008-11-15
29 離子阱串聯(lián)質(zhì)譜儀質(zhì)荷比測量誤差統(tǒng)計分析 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長沙; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】生物信息學(xué) 2008-03-15
30 一種可用于評估肽質(zhì)量指紋譜數(shù)據(jù)的方法——反轉(zhuǎn)錯位數(shù)據(jù)庫 吳松鋒; 薛曉芳; 張紀(jì)陽; 應(yīng)萬濤; 馬潔; 錢小紅; 朱云平; 賀福初 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室 【期刊】分析化學(xué) 2008-04-15
31 22周孕齡人胎肝表達序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)更新與初步分析 陳廷貴; 吳松鋒; 周鋼橋; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】科學(xué)通報 2008-09-23
32 RPLC-SDS-PAGE整體蛋白質(zhì)分離與納升毛細管液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的研究及應(yīng)用 張養(yǎng)軍; 李文瑞; 孟慶芳; 鄧新宇; 田英華; 王京蘭; 楊兵; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 北京 【期刊】生命科學(xué)儀器 2005-04-30
33 一種規(guī)模化蛋白質(zhì)組分離和鑒定新方法研究及其應(yīng)用 張養(yǎng)軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 北京 【期刊】分析化學(xué) 2005-10-25
媒體報道：
蛋白質(zhì)組研究中的“清道夫”——記北京蛋白質(zhì)組研究中心朱云平研究員課題組
朱云平，北京放射醫(yī)學(xué)研究所研究員，碩士生導(dǎo)師，北京蛋白質(zhì)組研究中心（蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室）生物信息學(xué)研究室PI。中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會蛋白質(zhì)組學(xué)專業(yè)委員會委員，中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會委員，研究方向為蛋白質(zhì)組生物信息學(xué)及系統(tǒng)生物學(xué)，已在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發(fā)表論文八十余篇。
承擔(dān)并完成了4項國家973、863重大項目課題及1項北京市重大基礎(chǔ)研究課題。在大規(guī)模蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、不同實驗室來源數(shù)據(jù)整合和標(biāo)準(zhǔn)建立、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析方法研究、大規(guī)模蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析策略等方面已經(jīng)形成了可應(yīng)用的技術(shù)體系和軟件平臺，形成的技術(shù)平臺體系、培養(yǎng)的人才隊伍對蛋白質(zhì)組學(xué)研究起到很好的基礎(chǔ)支撐作用，為保證我國在國際人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃的領(lǐng)導(dǎo)地位起到了重要作用。
獲軍隊科技進步成果二等獎2項、北京科學(xué)技術(shù)一等獎1項、國家科技進步成果三等獎1項。獲軟件著作權(quán)15項。
上世紀(jì)90年代，科學(xué)家們繪制出了基因圖譜，人類對生命本質(zhì)的認(rèn)識達到前所未有的深度，但科學(xué)家同時也發(fā)現(xiàn)，基因組中絕大部分基因及功能仍然處于未知狀態(tài)，需要從蛋白質(zhì)水平予以解釋。基因組決定生命體的基本形式，而蛋白質(zhì)組決定生命的多樣性、復(fù)雜性及其功能。于是，繼人類基因組計劃之后，又一項重大的生命科學(xué)工程——蛋白質(zhì)組計劃“破殼而出”，開啟了“全景式”揭示生命奧秘的新時代。
在對蛋白質(zhì)組的研究中，有這樣一個引人矚目的群體，他們隸屬國內(nèi)第一家從事蛋白質(zhì)組研究的專業(yè)研究機構(gòu)——北京蛋白質(zhì)組研究中心。該中心位于中關(guān)村生命科學(xué)園，由軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、中國科學(xué)院、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院、清華大學(xué)、北京大學(xué)、江中集團及北京生物技術(shù)和新醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)促進中心共同創(chuàng)建，致力于研究和開發(fā)具有自主知識產(chǎn)權(quán)的蛋白質(zhì)組和功能基因組平臺，致力于建設(shè)國際一流的集蛋白質(zhì)組科學(xué)研究、技術(shù)創(chuàng)新、人才培養(yǎng)、成果轉(zhuǎn)化、信息交流與技術(shù)服務(wù)于一體的國家級研究中心和基地。
這是國際人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃執(zhí)行總部，目前，中心已經(jīng)成為我國蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室、全軍基因組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)重點實驗室、“首都科技條件平臺”。
都說背靠大樹好乘涼，北京蛋白質(zhì)組研究中心為他們的科研事業(yè)提供了絕無僅有的優(yōu)渥條件，在這樣一顆大樹下，他們在蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域盡力求取知識，兢兢業(yè)業(yè)科研，將個人的理想融入蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展的潮流，致力于揭示研究生命科學(xué)領(lǐng)域的奧秘。
他們就是北京蛋白質(zhì)組研究中心朱云平研究員課題組。
科研路線圖：大幅提升蛋白質(zhì)組質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率
《分子與細胞蛋白質(zhì)組學(xué)》是蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域全球影響力最大的專業(yè)性刊物。2009年3月，朱云平研究員領(lǐng)導(dǎo)的課題組在該刊物上發(fā)表的《鳥槍法蛋白質(zhì)組研究中對鑒定肽段進行驗證的貝葉斯非參模型》一文，引起了業(yè)界的高度重視，該研究成果大幅提升了蛋白質(zhì)組質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率。
大規(guī)模、高通量的蛋白質(zhì)組研究產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)，其中包含了大量的噪聲，而可靠的數(shù)據(jù)是進一步生物學(xué)分析的基礎(chǔ)。目前的分析方法均采用了過嚴(yán)的標(biāo)準(zhǔn)，這在降低假陽性的同時也人為地造成了數(shù)據(jù)較高的假陰性，導(dǎo)致大量數(shù)據(jù)浪費。因此，“在保證高可信度的前提下，最大限度地利用實驗數(shù)據(jù)”一直是蛋白質(zhì)組學(xué)界的追求。朱云平研究員課題組基于隨機數(shù)據(jù)庫策略、非參概率密度模型和貝葉斯公式，建立了串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)過濾的多元貝葉斯非參模型，將質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率提高了10%—40%，創(chuàng)造了目前該領(lǐng)域研究的最好水平。
在蛋白質(zhì)組功能（網(wǎng)絡(luò)）研究中，課題組整合了多種蛋白質(zhì)相互作用證據(jù)并進而對高通量蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的可靠性進行了分析，發(fā)展的評估方法具有比其他方法更高的特異性和覆蓋率。發(fā)展完善了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)知識挖掘的體系：首先從蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中發(fā)現(xiàn)與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān)的子網(wǎng)，然后在此基礎(chǔ)上首次進行蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中信號流方向的研究，并建立了一種高準(zhǔn)確率的預(yù)測方法。該方法應(yīng)用于人蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)后，他們首次得到了一個人蛋白有向相互作用網(wǎng)絡(luò)，并據(jù)此推測出了大量潛在的信號通路。該有向網(wǎng)絡(luò)中相互作用的方向性得到了現(xiàn)有的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫的很好的支持。這項研究，不僅能夠推斷出蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中大量的潛在信號通路，而且從結(jié)構(gòu)和功能等角度提供了對信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的全新理解。
生命科學(xué)宏圖：建立肝臟的綜合知識庫
肝炎是中國第一大疾病，肝癌為中國惡性腫瘤的第二號殺手。為尋找治療肝臟疾病的金鑰匙，2002年11月，當(dāng)時年僅40周歲、中國科學(xué)院最年輕的賀福初院士在國際會議上提出了“人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃”，并贏得了與會代表的廣泛支持。
人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃的實施，將會發(fā)掘出一批重要的功能蛋白，發(fā)現(xiàn)一批全新的藥物靶標(biāo)，催生一批治療藥物，為肝病預(yù)防、診療提供新策略、新技術(shù)，從而大大降低肝臟領(lǐng)域疾病醫(yī)療成本，提升中國和世界人民的健康水平。
目前，朱云平研究員領(lǐng)導(dǎo)的課題組關(guān)于人肝臟蛋白質(zhì)組生物信息學(xué)的研究取得了初步進展。課題組建立了蛋白質(zhì)表達、修飾、定位、相互作用等系列數(shù)據(jù)庫，產(chǎn)出了世界上規(guī)模最大、內(nèi)容最豐富的人體重要組織器官－肝臟的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，從多方面提供了系統(tǒng)的信息及直接的實驗證據(jù)，為全面解讀人類基因組、揭示生命信息從基因組到蛋白質(zhì)組的調(diào)控規(guī)律提供了重要基礎(chǔ)。同時，建立了可供各質(zhì)譜實驗室使用的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)管理、分析及展示的軟件系統(tǒng)ProteomeView，免費提供給學(xué)術(shù)界使用。
課題組整合肝臟相關(guān)的基因組學(xué)、肝臟轉(zhuǎn)錄組學(xué)、肝臟蛋白質(zhì)組學(xué)、肝臟相關(guān)的通路及肝臟疾病等五部分生物學(xué)知識，構(gòu)建了LiverAtlas數(shù)據(jù)庫——肝臟相關(guān)的生物學(xué)綜合知識庫。基于LiverAtlas數(shù)據(jù)庫中所儲存的信息進行深入的數(shù)據(jù)挖掘和分析，旨在尋找與肝臟生理和病理相關(guān)的規(guī)律。從系統(tǒng)生物學(xué)角度對比和分析肝癌組織與非癌肝臟組織的基因表達數(shù)據(jù)，挖掘肝癌進展與基因表達形式之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)肝癌候選功能基因，另一方面，利用分子間的共表達關(guān)系，構(gòu)建肝癌候選功能基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)與肝癌密切相關(guān)的分子特征，并應(yīng)用這些特征數(shù)據(jù)建立肝癌預(yù)測模型，從而為早期診斷肝癌提供依據(jù)，并有助于提高對肝癌的治療水平。
在對生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)的功能模塊性進行了分析之后，課題組提出了功能模塊性的度量指標(biāo)體系和判定準(zhǔn)則，給出了功能模塊的定義原則和方法，并將指標(biāo)和準(zhǔn)則應(yīng)用于生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了酵母轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的功能模塊性特征，并給出了多個物種的代謝網(wǎng)絡(luò)功能模塊性與進化之間關(guān)系。
另外，他們采用生物信息學(xué)的手段就基于代謝網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)發(fā)育重建方法中代謝網(wǎng)絡(luò)重建和網(wǎng)絡(luò)間進化距離確定這兩個關(guān)鍵步驟進行了深入研究。設(shè)計了一種基于KEGG數(shù)據(jù)庫、快速可靠地重建代謝網(wǎng)絡(luò)的新方法；根據(jù)該方法開發(fā)了兩款針對不同研究目的的新的代謝網(wǎng)絡(luò)重建軟件；在分析有向網(wǎng)絡(luò)中酶進化保守性與拓?fù)渲匾缘年P(guān)系的基礎(chǔ)上建立了一種新的進化距離確定模型，并借鑒信息檢索中特征項提取的研究思想進一步提出了一種新的系統(tǒng)發(fā)育重建模型。
在談到對生物信息學(xué)課題組本身的評價及未來幾年的規(guī)劃時，朱云平研究員說，像人類蛋白質(zhì)組計劃這種大科學(xué)工程，高通量、大規(guī)模地產(chǎn)出海量復(fù)雜數(shù)據(jù)，從中得到可靠的核心數(shù)據(jù)集是進一步生物學(xué)分析的基礎(chǔ)。
其實驗室目前致力于為學(xué)術(shù)界提供可靠的、全面的、成系列的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集，同時提供一系列的數(shù)據(jù)庫、分析工具和平臺，為有效地分析和利用我國及世界上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)提供有力的支撐和保障。
課題組將依托蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室，整合基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等數(shù)據(jù)，進行肝臟的系統(tǒng)生物學(xué)研究。抓住“國家蛋白質(zhì)科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施”建設(shè)的契機，建立國家蛋白質(zhì)組信息資源中心，建成大型蛋白質(zhì)組信息學(xué)綜合服務(wù)平臺，為大科學(xué)計劃提供從全流程實驗數(shù)據(jù)、資源與項目管理、海量數(shù)據(jù)共享與計算服務(wù)到交叉領(lǐng)域合作，從基本數(shù)據(jù)挖掘到系統(tǒng)生物學(xué)分析的生物信息學(xué)全面解決方案。3－5年內(nèi)著重建設(shè)肝臟綜合數(shù)據(jù)庫。
朱云平研究員說，其課題組目前就像清道夫，為生命科學(xué)的攻關(guān)掃清道路，而今后則將為成為生命科學(xué)研究的尖兵而努力。
文章來源：《科學(xué)中國人》2011年第24期
朱云平，男，1969年12月9日生于湖南婁底，現(xiàn)任北京蛋白質(zhì)組研究中心（蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點實驗室）生物信息學(xué)研究室PI，研究員、碩士生導(dǎo)師。
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