論文專著：

出版學術著作： 

[1]《秦嶺四季林藥》，陜西出版傳媒集團，陜西科學技術出版社，2013.09。

[2]《防護林體系空間配置及結構優化技術》，科學出版社，2011.03。

[3]《秦嶺油松、銳齒櫟根系生態研究》，西北大學出版社，2002.10。

[4]《毛烏素沙區無灌溉植被恢復技術》，西北農林科技大學出版社，2010.09。

[5]《陜西省森林生態系統服務功能及其評估》，西北農林科技大學，2010.12。　　

[6]《毛梾油料能源林高效栽培技術研究》，西北農林科技大學出版社，2012.12。

[7]《中國森林生態系統服務功能研究》，科學出版社，2010.06。

[8]《陜西觀音山自然保護區綜合科學考察與生物多樣性研究》，中國林業出版社，2010.12。

[9]《秦嶺林源藥用植物圖鑒》，西北農林科技大學出版社，2014.12。

[10]《科學研究方法》，中國農業出版社，2009年2月（第1版）。

[11]《林學概論》，中國農業出版社，2008年1月（第1版）。

發表英文論文：

[1]A Conceptual Guideline to Age-Friendly Outdoor Space Development in China: How Do Chinese Seniors Use the Urban.HortScience.劉建軍.201803.SCI

[2]The ecomycorrhizal fungal communities associated with Quercus liaotungensis in different habitats across northern China.Mycorrhiza.劉建軍.201707.SCI

[3]Diversity and community structure of cecotomycorrhizal fungi associated with Larixchinensis across the alpine treeline ecotone of Taibai Mountain.Mycorrhiza劉建軍.201707.SCI

[4]Genetic diversity and structure of the threatened species Sinopodophyllum hexandrum (Royle) Ying.Genetics and Molecular Research.劉建軍.201606.SCI

[5]Phylogeography of Libanotis buchtormensis (Umbelliferae) in Disjunct Populations along the Deserts in Northwest China.PLoS One.劉建軍.201607.SCI

[6]Genetic diversity and structure of Libanotisbuchtormensis (Fisch.) DC. in disjunct populations along the bilateral sides of deserts in northwestern China. lant Systematics and Evolution.劉建軍.201511.SCI

[7]Development polymorphic microsatellite primers for the giant panda's staple food bamboo Bashaniafargesii and B-aristata (Poaceae: Bambusoideae).Conservation Genetics Resources.劉建軍.201509.SCI

[8]Phenotypic variation and diversity of Magnolia sprengeriPamp. in native habitat.Genetics and Molecular Research.劉建軍.201506.SCI

[9]Molecular characterization and expression analyses of an anthocyanin synthase gene from Magnolia sprengeriPamp.Applied Biochemistry and Biotechnology. 建軍.201506.SCI

[10]Spatial dynamics of aboveground carbon stock in urban green space: a case study of Xi'an, China.Journal of Arid Land.劉建軍.201506.SCI

[11]Liu, Wei; Yin, Dongxue; Liu, Jianjun*; Li, Na .Genetic diversity and structure of Sinopodophyllumhexandrum (Royle) Ying in the Qinling Mountains, China. PLOS ONE.2014 9（10） e110500  201410 SCI

[12]Shi, Shou-Guo; Yang, Mei; Zhang, Min; Wang, Ping; Kang, Yong-Xiang; Liu, Jian-Jun* .Genome-wide transcriptome analysis of genes involved in flavonoid biosynthesis between red and white strains of magnolia sprengeri pamp. BMC Genomics.2014, 15:706   1471-2164-15-706.    201408  SCI

[13]Genetic diversity and structure of liliumpumilum dc. In southeast of qinghai–tibet plateau. Plant Systematics and Evolution.(2014) 300:1453-1464.劉建軍.201406.SCI

[14]Synthesis and Antimicrobial Evaluation of 2-Aminobenzophenone Linked 1,4-Dihydropyridine Derivatives. Asian Journal of Chemistry.劉建軍.201408.SCI

[15] Li, Pengying; Braae, Ellen; Liu, Jianjun*.Expo2010: strategic transformation of former industrial areas by means of international events. Journal of Urban Planning And Development.2014，140(2), 05013004-1-12劉建軍.201406. SCI

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[17]Sun, Shanghua; Liu, Jianjun*; Li, Yongfu; Jiang, Peikun; Chang, Scott X. Similar quality and quantity of dissolved organic carbon under different land use systems in two Canadian and Chinese soils. Journal of Soils and Sediments, 2013, 13(1): 34-42.

[18]Synthesis and Biological valuation of Apigenin erivatives as Antibacterial and ntiproliferative Agents. Molecules . 2013,18,11496-11511,

[19]Tang, Nan; Shahin, Arwa; Bijman, Paul; Liu, Jianjun; van Tuyl, Jaap; Arens, Paul*。Genetic diversity and structure in a collection of tulip cultivars assessed by SNP markers。Scientia Horticulturae, 2013, 161: 286-292.

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[21]Nitrogen-Containing Apigenin Analogs: Preparation and Biological Activity. Molecules. 2012, 17,14748-147

[22] Kang, Yong-Xiang*; Zhang, Hong-Chi; Wang, Pei; Liu, Jian-Jun; Ma, Yang-Min.Chemical constituents of the leaves from Xanthoceras sorbifolia.Chemistry of Natural Compounds, 2012, 48(5): 875-876.

[23]Liu Jianjun, Takehisa Oikawa. The Seasonal Changes in belowground Biomass and productivity of a C3/C4 Mixed Grassland in the TERC.2004,The 51st annual meeting of the ecological society of Japan.

發表中文期刊論文：

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[191]高欣, 郭雷, 單寶雪, 肖延軍, 劉秀坤, 李豪圣, 劉建軍, 趙振東, 曹新有. 淀粉顆粒類型及其比例在小麥品質特性形成與改良中的作用[J]. 作物學報, 2023, 49 (06): 1447-1454.

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[7]劉建軍,令志哲.太白山巴山冷杉林初步研究[J].西北林學院學報,1995(01):9-10+12-14.

[6]劉建軍,薛智德.森林立地分類及質量評價[J].西北林學院學報,1994(03):79-84.

[5]楊澄,劉建軍.油松人工林間伐強度的商榷[J].陜西林業科技,1993(03):29-31+58.

[4]楊澄,劉建軍,何海燕.油松人工林撫育間伐效果初步研究[J].西北林學院學報,1991(02):44-50.

[3]劉建軍,楊澄,吳成儒.油松飛播林空間格局分析[J].西北林學院學報,1991(02):51-54.

[2]張康健,劉建軍.森林立地定量評價與分類的研究現狀[J].陜西林業科技,1991(02):16-18+13.

[1]楊澄,劉建軍.油松人工林間伐強度的商榷[J].西北林學院學報,1990(01):106-112.

發表中文會議論文：

[3]劉建軍,康永祥,馬長欣,姚正陽. 陜西省森林固碳增匯功能評估[C].  低碳陜西學術研討會論文集. 2010:32-42.

[2]劉建軍. 人工林及其健康經營[C].  第二屆全國水土保持生態修復學術研討會論文集. 2010:178-210.

[1]康博文,劉建軍,黨坤良,陳海濱. 秦嶺火地塘林區油松林土壤碳循環的研究[C].  2005年中國科協學術年會26分會場論文集（1）. 2005:5-8.