論文專著：
出版專著：
[1] 邱德有、朱澂編著，《抗癌藥物紫杉醇》,北京：北京大學出版社，1996。
[2] 黃璐琦主編，邱德有、梁宗鎖、陳敏副主編，《丹參大全-丹參植物學研究》, 北京：人民衛生出版社，2008。
[3] 黃璐琦主編《分子生藥學》（第二版）, 編委，北京：北京大學醫學出版社，2006。
[4] 高文遠、賈偉主編、黃璐琦、邱德有副主編，《藥用植物克隆培養及工業化生產》, 北京：化學工業出版社，2005。
發表英文論文：
[1] Fenjuan Shao, Qiang Lu, Iain W. Wilson, and Deyou Qiu. Genome-wide identification and characterization of the SPL gene family in Ziziphus jujuba. Gene, 2017, 627:315-21.
[2] Fenjuan Shao, Qian Zhang, Hongwei Liu, Shanfa Lu, Deyou Qiu. Genome-wide identification and analysis of microRNAs involved in witches'-broom phytoplasma response in Ziziphus jujuba,PLOS ONE, 2016, 11(11): e0166099
[3] Zhang Q#, Liu H#, Sun G, Wilson IW, Wu J, Hoffman A, Cheng J, Qiu D*.Baseline survey of root-associated microbes of Taxus chinensis (Pilger) Rehd. PloS one, 2015, 10(3): e0123026
[4] Shao F, Qiu D, Lu S*. Comparative analysis of the Dicer-like gene family reveals loss of miR162 target site in SmDCL1 from Salvia miltiorrhiza. Scientific Reports,2015, 5: 09891
[5] Yang Yanfang, Zhao Hainan, Roberto A Barrero, Zhang Baohong, Sun Guiling, Wilson Iain W, Xie Fuliang, Walker Kevin D, Parks Joshua W, Bruce Robert, Guo Guangwu, Chen Li, Zhang Yong, Huang Xin, Tang Qi, Liu Hongwei, Bellgard Matthew I, Qiu Deyou*, Lai Jinsheng*, Hoffman Angela*. Genome sequencing and analysis of the paclitaxel-producing endophytic fungus Penicillium aurantiogriseum NRRL 62431. BMC Genomics, 2014, 15: 1-14.（* 通訊作者）
[6] Zhang Nan, Han Zhentai, Sun Guiling, Hoffman Angela, Wilson Iain W, Yang Yanfang, Gao Qian, Wu Jianqiang, Xie Dan, Dai Jungui, Qiu Deyou*. Molecular cloning and characterization of a cytochrome P450 taxoid 9á-hydroxylase in Ginkgo biloba cells. BBRC, 2014, 443: 938-943.（* 通訊作者）
[7] Guo Q, Ma X*, Wei S, Qiu D, Iain W, Wu P, Tang Q, Liu L, Dong S, Zu W*. De novo transcriptome sequencing and digital gene expression analysis predict biosynthetic pathway of rhynchophylline and isorhynchophylline from Uncaria rhynchophylla, a non-model plant with potent anti-alzheimer‟s properties. BMC Genomics, 2014, 15: 676
[8] Sun Guiling, Yang Yanfang ?, Xie Fuliang, Wen Jianfan, Wu Jianqiang, Wilson Iain W, Tang Qi, Liu Hongwei, Qiu Deyou*. Deep sequencing reveals transcriptome re-programming of Taxus × media cells to the elicitation with methyl jasmonate. PLoS One, 2013, 8(4):e62865 (?共同第一作者).（* 通訊作者）
[9] Xie Fuliang, Burklew Caitlin E, Yang Yanfang, Liu Min, Xiao Peng, Zhang Baohong*, Qiu Deyou*. De novo sequencing and a comprehensive analysis of purple sweet potato (Impomoea batatas L.) transcriptome. Planta, 2012，236(1): 101-113.（* 通訊作者）
[10] Tang Qi, Su Zhiheng, Ma Xiaojun, Xu Derong, Liang Yanhai, Cao Haibo, Wang Xuesong, Qu Xiaoying, Hoffman Angela*, Liu Honhwei, Gu Dizhou, Qiu Deyou*. LC-MS method for detecting prostratin in plant extracts and identification of a high-yielding population of Euphorbia fischeriana. Phytochemistry Letters, 2012, 5(1): 214: 218.（* 通訊作者）
[11] Tang Qi, Ma Xiaojun*, Mo Changming, Wilson Iain W, Song Cai, Zhao Huan, Yang Yanfang, Fu Wei, Qiu Deyou*. An efficient approach to finding Siraitia grosvenorii triterpene biosynthetic genes by RNA-seq and digital gene expression analysis. BMC Genomics, 2011, 12: 343.（* 通訊作者）
[12] Roberto A Barrero, Chapman B, Yang Yanfang, Moolhuijzen P, Keeble-Gagnère G, Zhang Nan, Tang Qi, Bellgard Matthew I*, Qiu Deyou*. De novo assembly of Euphorbia fischeriana root transcriptome identifies prostratin pathway related genes. BMC Genomics, 2011, 12: 600.（* 通訊作者）
[13] Wang Qiong, Chen Jienan*, Zhang Huaiyun, Lu Mengzhu, Qiu Deyou, Wen Yafeng, Kong Qianqian. Synthesis of Water Soluble Quantum Dots for Monitoring Carrier-DNA Nanoparticles in Plant Cells. Journal of Nanoscience and Nanotechnology, 2011, 11(3): 2208-2214(7). （* 通訊作者）
[14] Li Fenglan, Ma Xiaojun, Hu Xinling, Hoffman Angela, Dai Jungui, Qiu Deyou*. Antisense-induced suppression of taxoid 14β-hydroxylase gene expression in transgenic Taxus × media cells. Journal of African Biotechnology, 2011, 10: 8720-8728.（* 通訊作者）
[15]Qiu Deyou*, Pan Xiaoping, Wilson Iain W*, Li Fenglan, Liu Min, Teng Wenjing, Zhang Baohong*. High throughput sequencing technology reveals that the taxoid elicitor methyl jasmonate regulates microRNA expression in Chinese yew (Taxus chinensis). Gene, 2009, 436(1-2):37-44.（* 通訊作者）
[16] Qiu Deyou, Wilson Iain W, Gan Siming, Washusen Russell, Moran Gavin F, Southerton Simon G*. Gene expression in Eucalyptus branch wood with marked variation in cellulose microfibril orientation and lacking G-layers. New Phytologist, 2008, 179: 94-103（* 通訊作者）.
[17] Spokevicius Antanas V, Southerton Simon G, MacMillan Colleen P, Qiu Deyou, Gan Siming, Tibbits Josquin FG, Moran Gavin F, Bossinger Gerd*. β-tubulin controls cellulose microfibril orientation in plant secondary fibre cell walls. The Plant Journal, 2007, 51(4): 717-726（* 通訊作者）.
[18] Ketchum Raymond EB, Horiguchi Tohru, Qiu Deyou, Williams Robert M, Croteau Rodeny B*. Administering cultured Taxus cells with early precursors reveals bifurcations in the taxoid biosynthetic pathway. Phytochemistry, 2007, 68(3):335-341（* 通訊作者）.
[19] Ketchum Raymond EB, Rithner Christopher D, Qiu Deyou, Kim Yousun, Williams Robert M, Croteau Rodeny*. Taxus metabolomics: methyl jasmonate preferentially induces taxoids oxygenated at C-13 in Taxus × media cell cultures. Phytochemistry, 2003, 62:901-909（* 通訊作者）.
[20] Wang Lida, Qiu Deyou, Chen Jiyun, Han Yifan, Zheng Junhua, Guo De-an*. Callus cultures of Annona squamosa for the production of annonaceous acetogenins. Journal of Asian Natural Products Research, 2002, 4 (3):171-174（* 通訊作者）.
[21] Moran G. F.,Thamarus K.A., Raymond C.A., Qiu D.Y.,Uren T., Southerton S.G.,2002, Genomics of Eucalyptus wood traits. Annals of Forest Science,59（5）:645-649.
[22] Zhang Junzeng, Zhang Lihe, Wang Xihong, Qiu Deyou, Sun Dian, Gu Jianqiao, Fang Qicheng*. Microbial transformation of 10-deacetyl-7-epitaxol and 1β-hydroxybaccatin I by some fungi from the inner bark of Taxus yunnanensis, Journal of Natural Products, 1998, 61: 497-500.（* 通訊作者）.
[23] Zhang Junzeng, Tu Fu, Zhang Lihe*, Qiu Deyou. The Epimerization of 10-Deacetylbaccatin Ⅲ by Microsphaeropsis Onychiuri a Fungus from Taxus Yunnanensis. Chinese Chemical Letters, 1997, 8(1): 47-48（* 通訊作者）.
[24] Qiu D Y.,Zhou W.Y.,1995,Identification of homozygotes deived from anthers of asparagus(Asparagus officianalis L.), Acta Horticulture, 402:398-402.
發表中文期刊論文：
[1]豐美靜,張愷愷,黃中文,邱德有,陳段芬,楊艷芳.東北紅豆杉溫室扦插繁殖試驗[J].北方園藝,2020(13):65-70.
[2]蔣路園,王旭,張愷愷,陳段芬,邱德有,楊艷芳.紅豆杉TcERF基因qRT-PCR體系構建與優化[J].農業生物技術學報,2020,28(06):1096-1104.
[3]張愷愷,呂星,楊立瑩,陳段芬,邱德有,楊艷芳.紅豆杉TbAP2基因熒光定量PCR體系的建立及優化[J].林業科學研究,2019,32(01):39-46.
[4]張愷愷,李清,惠楠,陳段芬,邱德有,楊艷芳.紅豆杉總RNA提取方法的比較[J].分子植物育種,2019,17(18):5993-5999.
[5]蘆強,邵芬娟,邱德有.毛果楊LBD基因家族的全基因組分析[J].基因組學與應用生物學,2018,37(01):313-325.
[6]蘆強,邵芬娟,邱德有.雷蒙德氏棉LBD基因家族的鑒定及進化表達分析[J].分子植物育種,2017,15(11):4308-4324.
[7]楊艷芳,劉洪偉,邱德有.基于高通量測序的瑞香狼毒轉錄組數據分析[J].中草藥,2017,48(22):4740-4747.
[8]王帥,邵芬娟,李論,蘆強,邱德有.穗花杉的轉錄組測序及其轉錄組特性分析[J].林業科學研究,2017,30(05):759-764.
[9]劉洪偉,王帥,王強,王偉,楊艷芳,劉錫葵,邱德有.甜菜樹貝殼杉烯合酶基因的克隆與原核表達[J].食品與生物技術學報,2017,36(05):479-485.
[10]王帥,趙中槐,董清華,邵芬娟,蘆強,邱德有.香榧中不存在紫杉醇的化學及分子生物學證據[J].基因組學與應用生物學,2016,35(11):3172-3177.
[11]劉洪偉,楊艷芳,熊王丹,吳平治,吳國江,邱德有.不同植物中推定蓖麻烯合酶基因的生物信息學分析[J].植物研究,2016,36(04):605-612.
[12]劉洪偉,楊艷芳,李艷艷,王帥,邱德有.榛子產紫杉醇內生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因的克隆與表達[J].廣西植物,2016,36(04):456-461+506.
[13]王帥,邵芬娟,李論,蘆強,邱德有.穗花杉中不存在紫杉醇的化學及分子生物學證據[J].西北植物學報,2016,36(04):661-666.
[14]程俊文,賀亮,鄒景泉,方茹,邱德有,胡傳久,魏海龍,蔣云鶴,王衍彬.響應面法優化內生真菌發酵產紫杉醇工藝[J].浙江林業科技,2015,35(06):68-72.
[15]李艷艷,楊艷芳,王俊青,王帥,劉洪偉,邱德有.紅豆杉TcLBDs基因的克隆與表達分析[J].林業科學,2015,51(10):126-133.
[16]李艷艷,楊艷芳,劉洪偉,王帥,邱德有.中國紅豆杉TcAPLs基因的克隆及表達分析[J].中草藥,2015,46(10):1512-1519.
[17]邱德有,張彬,楊艷芳,邵芬娟,滕文靜.紫杉醇生物合成研究歷史、現狀及展望[J].生物技術通報,2015,31(04):56-64.
[18]周華,朱祺,楊艷芳,劉洪偉,余發新,邱德有.南方紅豆杉bHLH基因克隆與序列分析[J].植物研究,2015,35(01):52-59.
[19]楊艷芳,劉洪偉,邱德有.歐洲紅豆杉AP2/ERF轉錄因子基因序列分析[J].氨基酸和生物資源,2014,36(04):54-59.
[20]周華,朱祺,楊艷芳,余發新,邱德有.紅豆杉分子生物學研究進展[J].植物生理學報,2014,50(04):373-381.
[21]張楠,孫桂玲,戴均貴,楊艷芳,劉洪偉,邱德有.銀杏細胞轉錄組高通量測序及分析[J].中國生物工程雜志,2013,33(05):112-119.
[22]曹秀萍,鄒建華,邱德有,戴均貴.虎眼萬年青屬植物Ornithogalum thyrsoide的甾體皂苷及黃酮類化學成分[J].天然產物研究與開發,2012,24(06):768-771.
[23]劉洪偉,唐其,楊艷芳,張楠,邱德有.從狼毒大戟中克隆蓖麻烯合成酶基因[J].分子植物育種,2012,10(01):62-66. 通訊作者
[24]顧地周,楊麗娟,馮穎,姜云天,高捍東,邱德有.延緩生長法在試管內保存牛皮杜鵑種質初探[J].科技通報,2011,27(04):546-548+590.
[25]唐其,邱德有,馬小軍,莫長明,付偉.羅漢果果實不同發育時期SSH文庫的構建[J].廣西植物,2011,31(03):388-392.
[26]顧地周,高捍東,邱德有.延緩生長法保存長白山珍稀植物玫瑰種質初探[J].中南林業科技大學學報,2010,30(07):91-93+104.
[27]顧地周,高捍東,邱德有.應用“促成休眠”法試管內保存東北刺人參種質[J].東北林業大學學報,2010,38(03):126-127.
[28]許德榮,唐其,梁延海,曹海波,王雪松,趙厚坤,李云龍,劉光,劉官久,邱德有.狼毒大戟cDNA文庫構建及EST測序[J].分子植物育種,2010,8(01):139-144. 通訊作者
[29]邱德有,吳小紅,黃璐琦.木本藥用植物紅豆杉研究的新進展[J].林業科學研究,2009,22(03):439-445.
[30]李鳳嵐,邱德有,馬小軍,劉敏,許德榮.利用RNAi抑制曼地亞紅豆杉細胞紫杉烷14β-羥基化酶基因的表達[J].中國生物工程雜志,2009,29(05):55-60. 通訊作者
[31]劉敏,滕文靜,董清華,晁慧娟,李鳳嵐,邱德有.草莓果實外源基因瞬時表達系統的建立[J].果樹學報,2009,26(01):60-65+130. 通訊作者
[32]呂冬梅,袁媛,黃璐琦,梁日欣,邱德有.丹參毛狀根不同培養時期有效成分的積累研究[J].中國中藥雜志,2008(09):1078-1080.
[33]呂冬梅,袁媛,張東,黃璐琦,梁日欣,邱德有.丹參毛狀根化學成分穩定性研究[J].中國中藥雜志,2008(06):653-656.
[34]滕文靜,胡新玲,王偉,程克棣,邱德有.紫杉烷13α-羥基化酶基因的克隆及其轉化煙草的研究[J].中國生物工程雜志,2008(02):53-58. 通訊作者
[35]金曉磊,沈元月,胡新玲,滕文靜,董清華,邱德有.草莓基因工程研究進展[J].果樹學報,2007(04):506-512. 通訊作者
[36]崔光紅,黃璐琦,邱德有,袁媛,付桂芳.丹參功能基因組學研究Ⅱ——丹參毛狀根不同時期基因表達譜分析[J].中國中藥雜志,2007，32(13):1267-1272. 通訊作者
[37]崔光紅,黃璐琦,唐曉晶,邱德有,王學勇,付桂芳.丹參功能基因組學研究Ⅰ——cDNA芯片的構建[J].中國中藥雜志,2007，32(12):1137-1141. 通訊作者
[38]王學勇,崔光紅,黃璐琦,邱德有.誘導子對丹參毛狀根中丹參酮類成分積累影響[J].中國中藥雜志,2007,32(10):976-978. 通訊作者
[39]毛瑩,崔光紅,黃璐琦,邱德有,劉娟.銅、鋅離子影響丹參金屬硫蛋白MT2基因表達[J].分子植物育種,2007,5(03):389-392. 通訊作者
[40]王學勇,崔光紅,黃璐琦,邱德有.茉莉酸甲酯對丹參毛狀根中丹參酮類成分積累和釋放的影響[J].中國中藥雜志,2007，32(04):300-302. 通訊作者
[41]黃新,邱德有,黃璐琦.茉莉酸甲酯對中國紅豆杉細胞基因表達的mRNA差異顯示研究[J].分子植物育種,2006(05):627-632.
[42]胡新玲,徐妙云,劉德虎,邱德有.紫杉烷14β-羥基化酶基因片段的克隆及其植物表達載體的構建[J].分子植物育種,2006(02):243-250.
[43]邱德有,宋經元,馬小軍,祁建軍,張蔭麟.丹參毛狀根生物反應器大規模培養的研究[J].分子植物育種,2004,2(05):699-703.
[44]邱德有,黃璐琦.代謝組學研究——功能基因組學研究的重要組成部分[J].分子植物育種,2004,2(02):165-177.
[45]黃新,黃璐琦,邱德有.紫杉醇生物合成途徑中相關酶的研究進展[J].中國生物工程雜志,2002,22(05):27-33.
[46]邱德有,吳小紅,黃璐琦.現代生命科學技術對中醫藥發展的影響[J].世界科學技術,2001(02):12-16+63-64.
[47]邱德有.試論藥用植物有效成分基因調控的研究進展[J].世界科學技術,2000,2(03):30-34.
[48]邱德有,朱蔚華,吳蘊祺,張大勇,胡秋.利用茉莉酸類結合mRNA差示技術研究紫杉醇生物合成機制[J].中國新藥雜志,2000(04):224-228.
[49]胡新生,韓一凡,邱德有.樹木木質素含量的遺傳變異研究進展[J].林業科學研究,1999，12（6）：563-571
[50]李明亮,韓一凡,邱德有,李凝,田穎川.ACC合酶cDNA克隆及其對美洲黑楊體內乙烯產生的反義抑制[J].林業科學,1999(03):3-5.
[51]邱德有,李如玉.紫杉醇生物合成的研究進展[J].生命科學,1998，6：316-320.
[52]邱德有,李如玉,李鈴.紅豆杉及南方紅豆杉體細胞胚胎發生的研究[J].林業科學,1998，34（6）：50-54.
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[56]邱德有,朱微,朱至清.利用栝樓發根生產天花粉蛋白的研究[J].植物學報,1996，38(06):439-443+511.
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[58]邱德有,朱澂.植物的熱激蛋白[J].植物生理學通訊,1994(02):139-142.
[59]邱德有,朱澂.植物抗滲透脅迫的基因調控及基因工程[J].生命科學,1993(04):16-17.
[60]邱德有, 1993, 利用轉基因植物生產有用的次生代謝物質. 見:林金安.王宏良主編.植物科學綜論. 哈爾濱:東北林業大學出版社, 20-34.
[61]邱德有.石刁柏育種進展[J].世界農業,1993(03):52-53.
[62]周維燕,邱德有,魏進華.石刁柏花粉胚的發生及純合株的快速鑒定[J].北京農業大學學報,1992(04):369-374.
發表中文會議論文：
[1]劉敏,邱德有,晁慧娟,董清華. 利用反向PCR方法克隆草莓多酚氧化酶基因及基因兩側非編碼序列[C]. 科技部863計劃現代農業技術領域辦公室.全國植物分子育種研討會摘要集.科技部863計劃現代農業技術領域辦公室:中國作物學會,2009:32.
[2]劉敏,晁慧娟,邱德有,董清華. 草莓多酚氧化酶基因的克隆、反義表達載體構建及轉化煙草的研究[C]. 科技部863計劃現代農業技術領域辦公室.全國植物分子育種研討會摘要集.科技部863計劃現代農業技術領域辦公室:中國作物學會,2009:137.
[3]劉敏,滕文靜,晁慧娟,董清華,邱德有. 草莓果實外源基因瞬時表達系統的建立[C]. 科技部863計劃現代農業技術領域辦公室.全國植物分子育種研討會摘要集.科技部863計劃現代農業技術領域辦公室:中國作物學會,2009:138.
[4]李鳳嵐,馬小軍,邱德有. 曼地亞紅豆杉細胞高效轉基因體系的建立[C]. 科技部863計劃現代農業技術領域辦公室.全國植物分子育種研討會摘要集.科技部863計劃現代農業技術領域辦公室:中國作物學會,2009:139.
[5]邱德有,韓一凡,李如玉. 東北紅豆杉細胞培養的研究[C]. 中國林學會林木遺傳育種分會、廣西自治區林學會.面向21世紀的中國林木遺傳育種——中國林學會林木遺傳育種第四屆年會文集.中國林學會林木遺傳育種分會、廣西自治區林學會:中國林學會林木遺傳育種分會,1997:74.
邱德有，男，漢族，博士，博士生導師。現任中國林業科學科學院林業研究所分子生物學研究室主任；植物次生代謝工程創新團隊課題組長、首席專家。
科學研究：
榮譽獎勵：
發明專利：